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『謎と記憶のラビリンス』はマンガパートと謎解きパートで構成されており、マンガのなかで行き詰った少女をプレイヤーが謎解きパートでサポートし、物語を進めていくことになる。
ゲームはプレイする話数（ステージ）を選択し、マンガを読み進める形で進行。
体験版でプレイできたバージョンでは第1話がプレイでき、そこでは海のなかにポツンと浮き立つ駅のような場所で、記憶をなくした少女が目覚める場面から物語がスタートした。
このマンガパートは続く謎解きパートへの導入となるわけだが、スマートフォン向けWebマンガらしい画面ではありつつも、セリフやモノローグにはボイスが付いている。
また、スクロールに合わせてキャラクターやカメラが動くので、マンガとアニメーションの中間に位置する新たなコンテンツを視聴しているような感覚が得られた。
体験版でもっとも印象的だったのが、「ここは… どこ？」とつぶやくセリフとともにカメラがズームアウトし、駅全体が映る場面。
縦にスクロールして読み進めるというWebマンガならではの操作性と、それに合わせて変化するカメラ演出が非常にマッチしており、冒頭からプレイヤーを世界観に引き込むには十分すぎる導入となっていた。
ここから謎解きがスタート！ 主人公（プレイヤー）はマンガの世界に入り込み、記憶をなくした少女・ハルカの物語を進めるべく謎を解いていくことになる。
3Dマップを歩いて謎を解く！
謎解きパートは、脱出ゲームのようなシステムで進行する。手に入れたアイテムや気になる箇所を調べつつ、謎を解いていくという遊び慣れたシステムこそベースにあるが、ここにも本作ならではの要素が。
一般的な謎解きゲーム（ポイント＆クリックアドベンチャー）では、気になるところをタップし、そこにある謎を解いていくだけだが、本作ではフル3Dで描かれたマンガの中の世界を自由に動き回って探索し、その中で謎を見つけていくことになる。アクションRPGの謎解きパートのようなものと言えば、イメージしやすいだろう。
しかし操作はいたってシンプル。移動したい場所をタップするだけで、少女がそこに向かって歩いてくれる。気になる箇所の探索もタップのみで行える親切設計となっており、ストレスなく謎解きに集中できた。
そうして謎を発見したり、謎を解き進めるとマンガの内容にも変化が生じ、読めなかった続きが読めるようになっていく。
2Dイラストの、特定のポイントをタップ（クリック）していく定番の謎解きゲーム、脱出ゲームは多くプレイしてきたが、本作のような3D謎解きゲームは初体験だったので、非常に新鮮なプレイ体験が得られた。
自分で視点を動かして能動的に探索を行うため、ヒントなどを発見できたときの喜びも一層強く感じられる。