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本作的戰鬥系統採回合制，由我方四個怪獸輪流發動攻擊，而攻擊的操作方式就是玩家觸押畫面任一處，以類似發射彈珠的玩法向敵人發起攻擊。
比起其他 APP 遊戲，《怪物彈珠》也讓玩家之間可以利用藍芽連線四人輪番上陣一同挑戰關卡！由於不論是一般的任務模式或是特殊活動都能連線合作，甚至還有多人模式獨有的活動，因此讓玩家可以更積極與其他朋友互動。